Las equivocaciones arbitrales han sido una constante en la Liguilla del Apertura 2021 y han afectado o beneficiado, a algunos más que a otros, a los ocho equipos que consiguieron su boleto a la fase final.
Los árbitros que han pitado los partidos protagonizados por Atlas, no obstante, han acaparado la mayor parte de las críticas, pues han cometido ciertos errores en jugadas específicas que han beneficiado la continuidad del conjunto rojinegro.
A partir de los cuartos de final, etapa a la que La Academia clasificó de manera directa, por lo menos tres de los cuatro duelos que han jugado han contado con ciertas "ayudas" arbitrales que han influido en el resultado final del partido.
El primero tuvo lugar en la vuelta de los cuartos de final ante Monterrey, y después, la serie contra Pumas llamó la atención también por al menos un par de jugadas que habrían cambiado el marcador.